细菌是单细胞生物，平均体长2～3微米，宽0.5微米，体型十分微小。细菌有球状、杆状和螺旋状三种基本形态，分别被称为球菌、杆菌和螺旋菌。
球菌（Coccus）。球菌呈球形或近似球形，菌体直径在1微米左右。球菌分裂后产生新的细胞常保持一定的排列方式，在分类鉴定上有重要意义。例如分裂沿一个平面进行，分裂后的细胞分散而单独存在的，称为单球菌（Micrococcus）；两个球菌成对排列，叫双球菌（Diplococcus）；多个球菌链状排列，称为链球菌（Streptococcus）。如果球菌按两个相互垂直的平面分裂，分裂后每四个细胞在一起呈田字形，称为四联球菌（Tetra-Coccus）；按三个相互垂直的平面进行分裂，分裂后每八个球菌排列在一起成立方体，称为八叠球菌（Sarcina）。如果分裂面不规则，多个球菌无秩序地堆集在一起，称为葡萄球菌（Staphylo-coccus）。
杆菌（Bacillus）。菌体杆状，其大小、长短和粗细差别很大。短的杆菌接近球菌，长的杆菌呈丝状。一般杆菌的长度为1～5微米，宽0.5～1.5微米。有的杆菌很直，有的稍弯曲。有的两端截平，有的稍圆。大多数杆菌菌体分散存在，但有的种类呈长短不同的链状排列，或一个挨一个呈栅状或八字形。杆菌的形状和排列方式在分类鉴定上也有一定意义。
螺旋菌（Spirillum）。菌体呈弯曲状。根据细胞弯曲的程度和菌体硬度，分为弧菌（Vibrio）、螺旋菌（Spirillum）和螺旋体（Spirochaeta）。弧菌菌体略弯曲；螺旋菌菌体坚韧并呈螺旋状弯曲；螺旋体菌体柔软，弯曲如螺旋状。