细菌细胞主要由细胞壁、细胞质膜、细胞质、核质及内含物等构成。细菌细胞壁的重要成分是肽聚糖，而不含纤维素和几丁质。细菌没有真正的细胞核，核质分散于细胞质中，称为原核。
多数细菌在一定条件下，细胞壁周围包被着一层粘性的薄膜，称为荚膜。荚膜是一层透明的胶状物质，由多糖类物质组成，具有保护作用。
有些种类的细菌生长到某个阶段，菌体失去水分浓缩成1个椭圆形的内生孢子，称为芽孢。芽孢的壁很厚，渗透性很弱，含水少能抵抗不良环境，可生存十几年，遇到适宜环境条件，再发生成1个新的菌体。
螺旋菌和某些杆菌具有鞭毛，鞭毛是一种从细胞质膜上长出并穿过细胞壁的细丝，是细菌的运动工具。