基础小体(basalbody)位于鞭毛根部,埋在细胞壁中。革兰氏阴性菌鞭毛的基础小体由一根圆柱和两对同心环所组成,一对是m环与s环,附着在细胞膜上;另一对是p环与l环,连在胞壁的肽聚糖和外膜上(m、s、p、l分别代表细胞膜、膜上、肽聚糖、外膜中的脂多糖)。革兰氏阳性菌的细胞壁无外膜,其鞭毛只有m与s环而无p环和l环。鞭毛运动需要能量,细胞膜中的呼吸链可供其所需。钩状体(hook)位于鞭毛伸出菌体之处,呈钩状弯曲,鞭毛此转变向外伸出,成为丝状体。丝状体(filament)呈纤丝状,伸出于菌体之外,是由鞭毛蛋白亚单位呈紧螺旋状缠绕而成的中空的管状结构。鞭毛蛋白是一种纤维蛋白,其氨基酸组成与骨骼肌动蛋白相似,可能与鞭毛的运动性有关。
鞭毛是细菌的运动器官,往往有化学趋向性,常朝向有高浓度营养物质的方向移动,而避开对其在害的环境。常存在于杆菌及弧菌中。鞭毛的数量、分布可用以鉴别细菌。鞭毛抗原有很强的抗原性,通常称为h抗原,对某些细菌的鉴定、分型及分类具有重要意义。