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比色皿必须保持清洁和无伤痕，玻璃和石英比色皿通常可用冷酸或酒精、乙醚、丙酮、正己烷等有机溶剂清洗。
比色皿清洗液：浓盐酸：甲醇：水＝1：4：3
如果比色皿被有机物污染，宜用盐酸—乙醇(1：2)混合液浸洗，也可用相应的有机溶剂如醇醚混合物浸泡洗涤。如：油脂污染可用石油醚浸洗，铬天青显色剂污染可用硝酸(1：2)浸洗等。比色皿不可用碱液洗涤，也不能用硬布、毛刷刷洗。
铬酸洗液效果不错，但浸泡时间不宜过长，否则会腐蚀掉比色皿的粘接剂使其散架。另外因为它会在比色皿壁上吸附而出现一层铬化物的薄膜，这种薄膜很难去除，铬酸清洗后的比色皿在紫外区间基本不透光，导致不能使用。
稀释的酸浸泡，效果不错，但酸浓度不能太高。
也可用冷的或温热的（40~50℃）阴离子表面活性剂的碳酸钠溶液（2%）浸泡，可加热10分钟左右。对于有色物质的污染可用HCL（3mol/L）-乙醇（1+1）溶液洗涤。
有色物质污染的比色皿用盐酸:乙醇（1:2）浸泡一段时间,颜色就去掉了。
分光光度法中比色皿洁净与否是影响测定准确度的因素之一。因此，必须重视选择正确的洗净方法。
可参考的经验是：要是你测定溶液是酸，如果不干净，就用弱碱溶液洗，要是你测定溶液是碱，如果不干净，就用弱酸溶液洗，要是你测定溶液是有机物质，如果不干净，就用有机溶剂，比如酒精等溶液洗。
应按照测定的各种试剂，采用溶解中和的方法进行清洗，原则上是: 一不能损坏比色皿的结构和透光性能; 二能够采用中和溶解的方法来达到比色皿干净如初的效果。而分光光度计中比色皿洁净与否，则是影响测定准确度的因素之一。
比色皿按下面步骤进行清洗:
1.比色皿用完后应当先用适当溶剂冲洗,注意里外都要洗到.如果溶剂无毒的话,可以装入一半溶剂后,用手指按住比色皿的两端,用力摇晃,次数应当是不少于三次。 2.然后用大量的自来水冲洗,这一步对水溶液和盐溶液非常重要。当然如果所用溶剂不亲水这步可以放弃。 3.最后再用去离子水清洗,注意里外都要洗到。如果溶剂不亲水的这一步也可放弃。
4.洗完后不要刻意的将比色皿擦干,虚放在比色皿盒内,不用盖上让其自然挥干。
注：
清洗最好在用后立即进行,否则样品干后就更难处理；
洗好的比色皿应当是透明,没有水迹的；
经常使用的比色皿可以在洗净后浸泡在纯水或分析纯乙醇里中保存。
当测定溶液是无机盐溶液，石英比色皿的一般清洁方法如下。
(1) 用乙醚和无水乙醇的混合液(各50%)清洗。
(2) 若太脏可用专用洗液清洗。但时间要短(10分钟之内) ，再用清水清洗干净。注意选择比色皿洗涤液的原则是去污效果好，不损坏比色皿，同时又不影响测定。
(3) 不能用洗洁精之类的清洁剂。以免影响测量。
(4) 比色皿不可用碱液洗涤，也不能用硬布、毛刷刷洗。
而当遇到测定各种酸、碱、有机溶液时，如若测定溶液是酸，如果不干净，可用弱碱溶液洗，若是测定溶液是碱，如果不干净，可用弱酸溶液洗，要是测定溶液是有机物质，如果不干净，可用有机溶剂，比如无水乙醇等溶液洗。
值得注意的是，分析实验常用的铬酸洗液( 洗液) 不宜用于比色皿洗涤，这是因为带水的比色皿在该洗液中可能会产生热量，致使比色皿胶接面裂开而损坏。同时经洗液洗涤后的比色皿还可能残存微量铬(铬在紫外区有吸收) ，因此会影响实验的测定。一般主张使用硝酸和过氧化氢( 5 :1) 的混合溶液泡洗，然后用清水冲洗干净。
最后，对一般方法难以洗净的比色皿，还可以采取以下两种方法。
(1) 先将比色皿浸入含有少量阴离子表面活性剂的碳酸钠( 20 克/升) 溶液泡洗，经水冲洗后，于过氧化氢和硝酸( 5 :1) 混合溶液中再浸泡半小时。 (2) 在通风橱中用盐酸、水和甲醇( 1 :3 :4) 混合溶液泡洗，一般不超过10分钟。
