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1、我的细胞提取液有的有沉淀，有的很清亮，为什么呢？
答：有沉淀可能因为你的蛋白没有变性全，可以适当提高SDS 浓度，同时将样品煮沸时间延长； 也不排除你的抗原浓度过高，这时再加入适量上样缓冲液即可。
2、我做的蛋白质分子量很小（10kd），请问怎么做WB？
答：可以选择0.2μm的膜，同时缩短转移时间。也可以将两张膜叠在一起，再转移。
3、最后显色时用 DAB好还是ECM好？
答：DAB有毒，但是比较灵敏，是HRP最敏感的底物；ECM结果容易控制，但被催化时灵敏度差一点，但如果达到阀值，就特别灵敏，可以检测pg 级蛋白，具体可以根据你实验的情况。
4、要验证某个细胞上有无该蛋白的存在，需要做免疫组化和Western Blot试验吗？做这两个试验时的一抗和二抗可以共用吗？
答：
①免疫组化可以用来进行定位，但是不能精确定量，而且有时会有假阳性，不易与背景区分；Western blot可以特异性检测某个蛋白质分子，进行定 量，但是不能定位。
②两种实验的一抗有时候不能通用，公司的产品说明一般都会说明可以进行什么实验，在免疫组化时，是否适合石蜡切片或者冰冻切片。
5、细胞水平要做Western Blot，多少细胞提的蛋白够做Western Blot？
答：一般5×106就足够了。
6、同一样品能同时提RNA又提蛋白么？这样对Western Blot有无影响？
答：能，没有问题。
7、同一蛋白样品能同时进行两种因子的Western Blot检测吗？
答：当然可以，有的甚至可以同时测几十种样品。
8、蛋白变性后可以存放多久？
答：－80℃，一两年没有问题。最关键两条：不要被蛋白酶水解掉；不要被细菌消化掉（也是被酶水解了）。
9、二抗是生物素化的抗体，三抗是亲和素生物素体系，不知采用这样的方案后，封闭液是否要作调整，能否再用5％的脱脂奶粉呢？
答：不能使用脱脂奶粉，因为脱脂奶粉中含生物素，用BSA代替应该好一点。
10、做组织样品的Western Blot的时候，怎样处理样品？
答：必须进行研磨、匀浆、超声处理，蛋白质溶解度会更好，离心要充分，膜蛋白需用更剧烈的方法抽提，低丰度膜蛋白可能还要分步抽提(超速离心)。还有一点就是组织中的蛋白酶活性更强，需要注意抑制蛋白酶的活性。
11、免疫组化和Western Blot可以用同一种抗体吗？
答：免疫组化时抗体识别的是未经变性处理的抗原决定簇（又称表位），有些表位是线性的，而有的属于构象型；线性表位不受蛋白变性的影响，天然蛋白和煮后的蛋白都含有；构象型表位由于受蛋白空间结构限制，煮后变性会消失。如果你所用的抗体识别的是蛋白上连续的几个氨基酸，也就是线性表位，那么这种抗体可同时用于免疫组化和Western，而如果抗体识别构象形表位，则只能用于免疫组化。
12、在做Western Blot时，PVDF膜用甲醇浸泡的目的？
答：PVDF膜用甲醇泡的目的是为了活化PVDF膜上面的正电基团，使它更容易跟带负电的蛋白质结合，做小分子的蛋白转移时多加甲醇也是这个目的。
13、检测同一抗体的磷酸化和非磷酸化的抗原可以在同一张膜上吗？
答：可以。
14、蛋白质的分子量跨度很大，如要分离小21kd，中至66kd，大至170kd，可以一次做好吗？
答：这么广的分布不好转移，一般建议：21kd和66kd可以一起转，12％SDS-PAGE，湿转120mA， 45-60min就可以了， 可以根据你实验室的经验调节；170kd 用 7% SDS－PAGE，200mA 90-120min。
15、细胞裂解液选择蛋白酶抑制剂时有什么原则吗？受不受组织来源的影响？胞膜和胞浆有区别吗？
答：一般来说提取时加入广谱的蛋白酶抑制剂就可以了，操作时保持低温。若有特殊要求可以选择相应的蛋白酶抑制剂。
