扫描电镜在观察生物样品时，具有以下特点：
（1）多角度观察样品的表面结构；
（2）不需要将样品切成薄片；
（3）景深大、图像立体感强；
（4）放大倍数从几十倍到几十万倍连续可调；
在观察形貌的同时可以对微区的成分进行定量和定性分析。而能否获得真实、清晰、理想的扫描电镜观察结果，样品的制备过程是关键。
生物样品含水直接观察，会对扫描电镜造成以下影响：
1.  样品蒸发的水蒸气遭遇高能电子束，会被电离而放电，引起束流大幅度波动，使图像模糊，或者根本不能成像;
2.  大多数含水样品在高真空中容易发生形态损伤，表面皱缩、变形; 
3.  样品挥发会造成镜头、光阑等的污染; 
4.  灯丝会被上升水蒸气氧化而变质。
生物样品的含水量高，二次电子产率低，导电性差，对热，电子束敏感，仅有少数样品如毛发、牙齿以及含水量极低的昆虫等可以直接喷镀观察，绝大多数的生物样品均要求经过干燥处理才能镀金观察。
干燥是扫描电镜生物样品制备中的关键环节，如果处理不好，会直接影响到观察的清晰度与准确度。要想制备出好的扫描电镜生物样品，需要在干燥过程中尽可能减少由于水分蒸发而引起的样品表面形貌的形变，且必须确保干燥。大多数动植物容易发生明显的塌陷和变形。因此，需要针对不同的生物样品来选择合适的干燥方法。