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一、生物性污染
食品的生物性污染包括微生物、寄生虫及昆虫的污染。
微生物污染主要有细菌与细菌毒素、霉菌与霉菌毒素以及病毒等的污染。出现在食品中的细菌除包括可引起食物中毒、人畜共患传染病等的致病菌外，还包括能引起食品腐败变质并可作为食品受到污染标志的非致病菌。
病毒污染主要包括肝炎病毒、脊髓灰质炎病毒和口蹄疫病毒等污染，而其他病毒不易在食品上繁殖。
寄生虫及其虫卵主要是通过病人、病畜的粪便直接污染食品或通过水体和土壤间接污染食品。
昆虫污染主要包括粮食中的甲虫、螨类、蛾类以及动物食品和发酵食品中的蝇、蛆等污染。
控制措施：
应根据原料、产品和工艺的特点，针对生产设备和环境制定有效的清洁消毒制度，降低微生物污染的风险。
清洁消毒制度应包括以下内容：
清洁消毒的区域、设备或器具名称；
清洁消毒工作的职责；
使用的洗涤、消毒剂；
清洁消毒方法和频率；
清洁消毒效果的验证及不符合的处理；
清洁消毒工作及监控记录。
应确保实施清洁消毒制度，如实记录；
及时验证消毒效果，发现问题及时纠正。
严格控制食品加工过程的微生物污染。
二、化学性污染
食品化学性污染涉及范围较广，情况也较复杂。
主要包括：
①来自生产、生活和环境中的污染物，如农药、兽药、有毒金属、多环芳烃化合物、N-亚硝基化合物、杂环胺、二英、三氯丙醇等。
②食品容器、包装材料、运输工具等接触食品时溶入食品中的有害物质。
③滥用食品添加剂。
④在食品加工、贮存过程中产生的物质，如酒中有害的醇类、醛类等。
⑤掺假、制假过程中加入的物质，如在辣椒粉中掺入的化学染料苏丹红。
控制措施：
应建立防止化学污染的管理制度，分析可能的污染源和污染途径，制定适当的控制计划和控制程序。
应当建立食品添加剂和食品工业用加工助剂的使用制度，按照 GB 2760 的要求使用食品添加剂。
不得在食品加工中添加食品添加剂以外的非食用化学物质和其他可能危害人体健康的物质。
生产设备上可能直接或间接接触食品的活动部件若需润滑，应当使用食用油脂或能保证食品安全要求的其他油脂。
建立清洁剂、消毒剂等化学品的使用制度。
除清洁消毒必需和工艺需要，不应在生产场所使用和存放可能污染食品的化学制剂。
食品添加剂、清洁剂、消毒剂等均应采用适宜的容器妥善保存，且应明显标示、分类贮存；领用时应准确计量、作好使用记录。
应当关注食品在加工过程中可能产生有害物质的情况，鼓励采取有效措施减低其风险。
三、物理性污染
有的物理性污染物可能并不威胁消费者的健康，但是严重影响了食品应有的感官性状和（或）营养价值。
主要有：
①来自食品产、储、运、销的污染物，如粮食收割时混入的草籽、液体食品容器中的杂物、食品运销过程中的灰尘等；
②食品的掺杂使假，如粮食中掺入的沙石、肉中注入的水、奶粉中掺入大量的糖等；
③食品的放射性污染，主要来自放射性物质的开采、冶炼、生产、应用及意外事故造成的污染。
控制措施：
应建立防止异物污染的管理制度，分析可能的污染源和污染途径，并制定相应的控制计划和控制程序。
应通过采取设备维护、卫生管理、现场管理、外来人员管理及加工过程监督等措施，最大程度地降低食品受到玻璃、金属、塑胶等异物污染的风险。
应采取设置筛网、捕集器、磁铁、金属检查器等有效措施降低金属或其他异物污染食品的风险。
当进行现场维修、维护及施工等工作时，应采取适当措施避免异物、异味、碎屑等污染食品。
