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除此之外，由于省内小作坊生产许可证只能申请的产品种类很受限制，不能进入超市，不能网络销售，不能跨区域销售，至多能在本县销售，并且小作坊生产许可证的条件其实并不怎么低，一二百平方的生产场地很多时候并不能办理小作坊生产许可证，还有就是现实中很多地方无法受理。
一、依据不同
1、许可依据的一般法规和规章等不同：
食品企业许可依据的是食品生产许可管理办法，食品小作坊依据的是省食品安全条例。
2、申请人的主体资格范围不同：
食品企业申请人是企业法人、合伙企业、个人独资企业、个体工商户等均可，小作坊只可以是个体工商户。
3、申请许可的食品类别不同：
食品企业可申请食品类别32类，小作坊申请类别各省也不尽相同。
小作坊一般规模较小，而企业一般规模较大。但是这也不是绝对的，因为在食品安全法中并没有规定食品生产企业的规模，只要符合国家规定，都是可以取得相应的许可。
另外生产企业成本较高，所以一般情况下规模是大于小作坊的。食品生产企业因为取得了食品生产许可证才称为食品生产企业，而小作坊并不一定。
除此之外食品安全法中并没有规定小作坊的许可，只是要求各省市自行出台管理规定，而部分省份至今没有出台小作坊管理办法。所以有一部分地区的小作坊是处于无许可经营的。
二、小作坊食品加工许可证办理主要有以下几方面困难
1、生产场地：
取食品生产许可证对生产场地的选址，工艺流程，要求人流物流要分开防止交叉污染，配备消毒设备，通风系统，采光等都有严格要求。
2、生产人员：
食品生产许可证审核，要求必须要有实验室,满足产品出厂检验要求。化验员执证上岗，所以需要企业自己去培训化验员。
3、设备设施：
取证有明确的生产设备和检测设备要求，而小作坊对这些设备的投入费用一般都很难承担。
三、什么情况下，只能办理小作坊生产许可证
根据经验只有一种情况，产品在小作坊的受理范围，保质期太短，一般是几天时间，销售渠道是本地销售，保质期这个问题也不想通过工艺来改正，因为这样成本增加，会造成产品市场竞争力太差，因为销售对象的定位比较低。
比如豆腐加工，销售给本地批发商在集贸市场销售，因为保质期一般不超过1天。
四、小作坊生产许可证的发证范围
如：小麦粉；
面粉：大米；
淀粉及淀粉制品（淀粉制品）：粉条、粉皮、粉丝；
豆制品(非发酵性豆制品)：豆腐、豆腐皮、豆腐干；
食用植物油（半精炼）：小磨香油；
糕点：除面包、裱花蛋糕、月饼以外的糕点；
炒货食品及坚果制品：炒花生、炒瓜子等坚果炒货食品；
其他粮食加工品(谷物碾磨加工品)：玉米糁、玉米粉。
目录之外的产品是不受理小作坊生产许可证的，如果您生产的产品不在这个目录范围，保质期也比较短，只能选择提高生产条件，改进工艺，满足食品生产许可证的办理要求，否则您不能获取生产资质，不能进入市场。
食品相关的规定，就是要让一部分不具备条件或者条件不太好的从业者清理出去，保证食品安全。
五、禁止食品生产加工小作坊生产加工下列食品
1、乳制品、白酒、罐头制品、果冻等食品；
2、专供婴幼儿、老年人、病人、孕产妇等其他特定人群的食品；
3、声称具有特定保健功能的食品；
4、省人民政府规定的禁止生产的其他食品。
六、其他问题
这里提到的小作坊生产许可证，仅仅指的是生产或者加工食品规模比较小的商户，其他产品没有小作坊这样的说法。
其实，小作坊生产许可证需要提交的材料同食品生产许可证相比并未精简太多，只是面积和检验报告之类的环节要求比较简单，但是销售渠道和所经营的食品加工的种类是有限制的，所以需要各位从业者根据自身的情况具体抉择。
现做现卖的个体工商户，就是提供外卖的商户，不需要办理小作坊生产许可证，也不需要办理食品生产许可证，但是前提是只能现做现卖，不能再批发给其他批发商，不能网络销售，就是只能销售给消费者，只能销售给普通人。
七、办理食品生产许可证需要准备的材料
1、有效期内名称预先核准通知书（或营业执照）复印件；
2、法定代表人、负责人或投资人的资格证明或身份证复印；
3、经备案的企业标准（无国家标准企业采用的企业标准）；
4、生产加工场所有关情况、平面图（标尺寸、面积等主要参数）及其有权使用证明材料（房产证、土地使用证或租赁合同）；
5、周围环境平面图；
6、各功能间布局图复印件（标尺寸、面积等主要参数）；
7、设备布局图；
8、工艺流程图（附关键参数说明）；
9、当地环保部门核发的符合要求的证明文件复印件(环境影响批复及验收报告或环保主管部门出具的证明文件)；
10、产品出厂检验报告、原始记录、产品比对实验报告、委托检验协议及报告；
11、产品使用说明书或产品标签；
12、各项质量安全产管理制度文本及清单；
13、生产设备、检验设备清单及有权使用证明(购买凭据、合同或企业自我承诺书)；
14、现行有效的国家、地方、行业标准清单及文本；
15、生产过程中所需的各种规程、作业指导书等工艺文件；
16、原辅材料、包装材料、食品添加剂等产品供应商的生产许可证、营业执照、合格检验证明或报告；
17、申请书格式文本；
18、各项企业质量安全记录（与质量安全管理制度相对应）；
19、其它相关证明文件（如：员工健康证、检验员证等）。
食品生产许可证的厂房面积达到500平以上就满足了基本的办证要求。
