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为了食品加工的卫生安全，工厂必须积极防御病原体进入车间和扩散，防止在食品生产过程中可能发生的交叉污染。由于大部分食品工厂的加工自动化水平都比较低，车间内部物流的移动都是通过人的移动运送来实现的，因此鞋类的交叉污染问题变得比较突出，不能被忽视。
如果没有适当的清洁和消毒，鞋类可以传播通常引起食品召回的病原体，如：单核细胞增生李斯特菌和沙门氏菌。根据FDA召回名单，仅2017年因沙门氏菌和李斯特菌就至少引起了26次食品召回事件，影响了全球食品行业，包括乳制品、调味料、糖果、小吃和宠物食品。
这些污染可能来自工厂内部或外部，这就要求工厂必须建立适当的鞋类清洁和消毒程序，在踏入关键区域之前，对鞋子进行清洁和消毒，以减少病原体。
二、进车间为什么要穿工作鞋
食品厂进车间要要穿无菌鞋和员工鞋，或者套一个无菌鞋套。鞋套又称鞋罩，是用于方便客人不用脱鞋，且达到环境不受污染的常用防尘防护用品。
员工穿什么鞋子，要根据生产的产品不同确定。
工作鞋必须是无纤维脱落、易清洗、易消毒的。
主产车间若是干区，可以穿透气性好的胶鞋；如糖果、巧克力或脱水蔬菜包装的话，就可以穿类似运动鞋的简易鞋子了。
主产车间若是湿区，要穿雨鞋（靴），如生鲜类，如屠宰、水产和速冻蔬菜等肯定穿雨靴。
在一些弱酸和弱碱的场所，需要考虑防护靴耐化学品腐蚀性能。
不能穿拖鞋，既有污染也不雅观。
三、换鞋、消毒流程
食品卫生良好生产和操作规范（GMP）里面对进入食品车间的更衣、换鞋、消毒有要求。
作业人员首先在工厂入口的鞋柜处换鞋，一边踩着撒过消毒液的通道，一边进入生产车间。因此是穿着作业靴进行相关生产操作的。
下班后，又踩着撒过消毒液的通道，回到入口处，并换下靴子。
四、常见鞋柜和鞋架
在食品车间更衣室的便鞋与工作鞋一定要分开放置，要不就存在交叉污染。
1、有的是两个鞋架，一个放工作鞋一个放便鞋。
2、有的是两面的鞋柜的，既是更换鞋子时的板凳，柜下是放便鞋的，越过柜后下面是放工作鞋的，出去时倒过来操作就可以。
3、也有双层鞋柜便鞋在鞋柜下层、工作鞋上层。
五、鞋靴消毒要求
一般的食品生产企业在更衣间通向生产车间的门口都设有鞋靴消毒池（消毒可以200ppm次氯酸钠溶液）。
若是穿雨靴，要走过一个大水池，里面装满消毒水，脚踏进去正好没过脚背。
若是普通的鞋子（车间地面本身是干的），要用消毒垫进行消毒，就是一个大小符合要求（不可绕过或跨过即可)的不锈钢槽里面放一个塑料的垫子，加消毒液稍浸过即可，进入车间怕湿的话放一个垫子。
六、工作鞋日常管理
由于作业者长时间穿着防护靴，脚部的汗水难以散发，加之靴统内部长年无阳光照射，容易产生各类霉菌；工作鞋（靴）表面长期接触动植物油类，也会沾满各种杂质，若清洁不及时或不易清洗，容易滋生各种细菌。
因此，工作鞋的日常管理也是非常重要的。
1、从安全卫生的角度出发，购买防护靴时需要考虑其抗菌功能。
2、每周清洗两次；必要时，每班生产结束后立即清洗。清洗干净后晒干，放在更衣室臭氧消毒。
3、在要求严格的区域，采用统一鞋子，使用时发放，用后收回，统一清洗，统一消毒。
4、加工人员个人也要常洗脚，勤换袜子，保持鞋内干燥。
