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一些透气性材料(如：天然肠衣、蛋白肠衣、纤维素肠衣、玻璃纸肠衣等)，灌装的产品(如：烤肠、火腿类制品)或裸装产品(如：烤肉类制品)蒸煮成熟后，为了便于存放和延长保质期，需要进行第二次包装，在凉放和二次包装过程中产品表面必然会或多或少的受到污染，因此，包装完成后要再一次杀菌，称为二次灭菌。
2、污染来源
如何将污染降低到最小程度，是二次灭菌肉制品生产过程中的一个关键控制点。
科研人员对包装环境、操作人员的双手和工具的卫生状况进行检查后，发现这些场所或部位均含有一定数量的微生物，具体数量如下：空气100—1000个/c㎡；人手10000一1000000个/c㎡；工作台面1000～100000个/c㎡；电子秤表面100～1000个/c㎡；塑料周转箱100～1000个／em；工作服10000～10000000个/c㎡；从这组数据可以看出，如果不对包装间的环境及设施进行严格的卫生管理，那么，整个包装过程就会变成一个对食品进行细菌接种的过程。
为了将二次污染降低到最小程度，我们进行了大量细致的试验和检测，制定了合理的解决办法。
生产人员进入车间前严格按下列程序进行：
(1)更衣—换上拖鞋进入沐浴室沐浴—换上消过毒的工作服和胶鞋—整理好衣帽进入洗手消毒程序。
(2)洗手、消毒
清水冲洗—皂液洗—清水冲洗—在消毒液中浸泡3s以上—清水冲—干手—用75％的酒精消毒。
然后通过鞋靴消毒池对鞋靴消毒——通过风淋吹去身上的灰尘。
(3)将领来的包装材料放到缓冲间进行紫外线消毒，消毒后将工作场所的地面清扫干净，再对操作用具、容器具、台案、电子秤、周转箱用万分之二的二氧化氯消毒，然后用75％的酒精对操作人员的手进行消毒，戴好口罩方可操作。
(4)工作过程保持工作环境的干净卫生，操作人员的手每30min用75％的酒精消毒一次。
(5)工作结束彻底搞好工作区域的所有卫生，对操作用具、容器具、台案、电子秤、周转箱等用万分之二的二氧化氯再次严格消毒。
离开工作场所前将臭氧发生器开启60min对操作间进行消毒。使空气中菌落总数降到10个/c㎡，符合<50个/c㎡的要求。
3、二次灭菌产品在储存及销售过程中可能表现出来的问题及解决办法
(1)可能表现出来的问题：
出水、退色和胀袋。
(2)原因
①产品抽真空后，内部形成负压，产品始终处于受压状态，内部水分被挤出；
②产品熟制后处于裸露状态，冷却不彻底，水蒸气未完全散失，二次杀菌时水蒸气又散发出来；
③产品的组织结构不好，保水原料质量差，水分散失；
④产品过分追求出品率，配方水分较大；
⑤产品干燥效果差，造成产品所含水分过大；
⑥产品储存及销售运输过程中的温差变化较大，导致产品易腐败；
⑦销售过程中不按要求储存导致产品胀袋腐败；
⑧二次灭菌温度过高，造成产品结构被破坏产品出水。
(3)解决的办法。
①产品蒸煮之前添加烘干工序，使表面形成一层硬壳，阻止水分往外渗透，同时使制品表面色泽红润美观；
②产品熟制后，将产品晾挂在10～15℃，25％～35％RH湿度环境下使产品表面的水蒸气完全散失，确保二次杀菌时水蒸气不再大量散发出来；
③合理控制产品的出品率，以控制产品的水分；
④产品蒸煮后烟熏前同样要有烘干工序，一是脱水，二是防止串烟，烟熏时炉内湿度不得高于38％RH；
⑤产品储存的温度保持0～4℃，避免温差大造成产品的结构受到破坏；
⑥制定合理的二次杀菌温度，一般不宜超过95℃(95℃以上杀菌会破坏低温肉制品的结构，造成产品出水)；
⑦合理有效地使用防腐剂；
⑧控制好辅料的卫生质量。
在低温储存过程中，肉制品的腐败通常由两种原因引起：一是由于热加工程度不够，残留的耐热芽孢菌过度生长繁殖；二是在包装过程中，由于二次污染带入了细菌，这些细菌大量生长繁殖。而当肉制品经过真空包装、二次灭菌、充分杀灭所有的耐热芽孢菌体后，引起肉制品腐败的关键因素则变为芽孢菌的过度生长繁殖。
因此，控制原辅料中的芽孢菌的原始数量，是保证肉制品具有较长储存期的关键。为了了解肉制品中芽孢菌的污染来源，引用中国畜产品加工研究会的储藏保鲜专家对肉制品生产所需的各种原辅料的卫生状况作的实验和调查资料。
资料显示：辅料、特别是香辛料中的芽孢菌含量很高，是肉制品中芽孢菌的主要来源。有些企业生产两种香辛料：一种是普通的；另一种是经过灭菌、低温冷藏的。建议使用第二种。
