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食品安全危害控制是一个复杂的系统工程，涉及整个食品供应链，涉及各环节参与者。
食品生产经营者应当综合利用危害控制措施防止或消除食品危害的发生，或将危害降到可接受的水平。
在实践中，企业要针对食品危害的类型和特点选取对应的防控措施。
一、生物性污染的控制措施
(一)对微生物的控制
对于微生物(如细菌、病毒、朊病毒等 ) 的危害防控措施，可以采用清洁消毒、加热灭菌、低温贮存、添加防腐剂、建立不利于微生物生存繁殖的环境等措施，也可以加强源头控制，消除或降低原料带入产生的危害风险。
主要控制措施包括：
通过清洁消毒措施，去除或杀灭生产经营环境、人流物流以及食品接触设备、工具、包装材料带入的微生物；
设置科学合理的灭菌工艺和杀菌温度、时间等工艺参数，杀灭原料、半成品、成品和包装材料中的微生物；
采用冷冻、冷藏、充氮等低温、隔氧贮存方式，或者建立干燥的生产、贮存环境，创造不利于微生物生长的环境条件；
按照食品安全标准合理使用防腐剂，抑制微生物生长繁殖；
采用发酵工艺或使用高盐、高糖、高油、高酸度产品配方，防止非预期微生物的生长；
严控原料微生物指标、严格进货查验，降低或消除采购的食品原料、食品添加剂、食品包装材料和食品等自身的微生物危害风险。
(二)对寄生虫的控制
寄生虫通常存在于采购的动植物食材中。
食品生产经营企业可以通过对动植物性原料的彻底清洗和充分加热、熟制，以及在生产、销售、餐饮服务过程中将使用的加工制作设备、工具、容器等采用生熟分开等方式，消除寄生虫带来的危害风险。
(三)对虫害的控制
虫害是指由昆虫、鸟类、啮齿类动物等生物(包括苍蝇、蟑螂、麻雀、老鼠等 ) 造成的不良影响。
虫害本身往往带有一定量的微生物或寄生虫，加上自身可能产生的毒素和携带的异物，一旦侵入食品或食品加工环境或设备设施，会带来生物性、化学性、物理性的多种危害。
防控虫害的主要措施包括：
制定和执行虫害控制措施，并定期检查措施效果；保持生产经营场所相关建筑物的完好和环境整洁，防止虫害侵入及滋生；
在生产经营场所配置纱帘、纱网、防鼠板、防蝇灯、风幕等装置，防止鼠类、昆虫等虫害侵入；
准确绘制虫害控制平面图，定期检查捕鼠器、粘鼠板、灭蝇灯、室外诱饵投放点、生化信息素捕杀装置等装备的虫害防控效果；
保持食品包装、贮存容器的密闭良好，防止在加工、贮存、销售等环节的虫害侵入等。
采用物理、化学或生物制剂进行虫害消杀处理时，不应影响食品安全，不应污染食品接触表面、设备、工器具及包装材料。应优先使用物理方法消除虫害。
(四) 对真菌毒素的控制
真菌毒素是真菌在生长繁殖过程中产生的次生有毒代谢产物。
真菌在自然界广泛存在，如谷物中的黄曲霉、镰刀菌，水果中的展青霉，谷物、豆类、水果中的赭曲霉等。这些真菌在生长繁殖过程中会产生黄曲霉毒素、脱氧雪腐镰刀菌烯醇、展青霉素、赭曲霉毒素、玉米赤霉烯酮等真菌毒素。
食用真菌毒素超过食品安全国家标准规定限量的食品，易导致食物中毒、致病、致癌等食源性疾病。
食品生产经营企业可以通过严格原料进货查验、严控生产经营环境条件、严格清洁消毒规程等多种措施，降低或消除真菌毒素带来的危害。
二、化学性污染的控制措施
(一)原料控制
食品生产经营企业可以通过严格原料进货查验/检验，以及避免从污染区域采购原料等措施，降低原料带来的化学性危害。
(二) 加工过程控制
食品生产经营企业应当建立防止化学性污染的管理制度，分析可能的污染源和污染途径，制定适当的控制计划和控制程序。
主要措施包括：
建立食品添加剂和食品工业用加工助剂的使用制度，严格按照食品安全国家标准规定使用食品添加剂；
禁止在加工制作过程中添加食品添加剂以外的非食用化学物质和其他可能危害人体健康的物质；
使用食用油脂或能保证食品安全要求的其他油脂对可能直接或间接接触食品的设备、工具进行润滑；
合规使用清洁剂、消毒剂等化学品，非必要不在生产经营场所存放和使用可能污染食品的化学制剂；
对食品添加剂以及清洁剂、消毒剂、润滑剂等明确标识、分类管理、妥善保存。
三、物理性污染的控制措施
食品生产经营企业应当建立防止异物污染的管理制度，分析可能的污染源和污染途径，并制定相应的控制计划和控制程序。
主要措施包括：
通过采取设备维护、卫生管理、现场管理、外来人员管理以及监督加工过程等措施，降低人流、物流对食品产生的玻璃、金属、塑胶等异物污染的风险；
采取设置筛网、捕集器、磁铁、金属检查器等装置，降低原料、设备、人员在加工过程中带入的金属或其他异物污染食品的风险；
在进行生产现场维修、维护及施工等工作时，设置相应的防护区域、加装防护装置或停止生产活动，避免异物、异味、碎屑等污染食品。
四、人为故意危害的防控措施
企业应当采取适当的教育培训、现场管理、风险排查、相互监督等防控措施，防范人为故意造成的食品安全风险。
例如：
对从业人员进行食品安全法律法规、科学知识和行业道德伦理培训，提升食品安全意识，培养职业道德观念，养成卫生清洁习惯，营造从业良心氛围，建立食品安全企业文化；
严格原料使用和产品配方管理，严控进入生产经营关键环节的人员和物品；
采用视频技术手段监控称量、配料、投料、包装等关键加工环节，鼓励员工相互监督举报危害食品安全的不良行为等。
