1. 申请
1) 申请人提出正式申请，向COFCC分中心领取《有机食品认证申请表》（一式二份）、《有机食品认证调查表》（一式二份）和《有机食品认证书面资料清单》、《有机食品生产技术准则》等文件。
2) 申请人填写《有机食品认证申请表》、《有机食品认证调查表》并准备《有机食品认证书面资料清单》中要求提供的文件。
3)申请人按《有机食品生产技术准则》的要求，建立本企业的质量管理体系、生产操作规程和质量信息追踪体系。

2. 预审、审查并制定初步的检查计划
1) 分中心对申请人材料进行预审。预审合格，申请人将有关材料拷贝给COFCC。
2）COFCC根据申请人提供的项目情况，估算检查时间（一般需要2次检查：生产过程一次、 加工一次）。
3) COFCC根据检查时间和认证收费管理细则，制定初步检查计划、估算认证费用。
4) COFCC综合审查并做出“何时”进行检查的决定。
5) COFCC向申请者寄发《受理通知书》、《有机食品认证检查合同》(简称《检查合同》)，同时通知分中心。
6) 当审查不合格，COFCC通知申请人且当年不再受理其申请。

3. 签订有机食品认证检查合同
1) 申请人确认《受理通知书》后，与COFCC签订《检查合同》。
2) 根据《检查合同》的要求，申请人缴纳相关费用的50%，以保证认证前期工作的正常开展。
3) 申请人指定内部检查员（生产、加工各1人）配合认证工作，并进一步准备相关材料。

4. 实地检查评估
1) 全部材料审查合格以后，COFCC确定有资质的检查员进行实地检查。检查员从COFCC或其分中心处取得申请人相关资料，依据《有机食品生产技术准则》的要求，对申请人的质量管理体系、生产过程控制体系、追踪体系以及产地、生产、加工、仓储、运输、贸易等进行实地检查评估。
2) 必要时，检查员可对水、土、气及产品抽样，由检查员和申请人共同封样送指定的质检机构检测。

5. 编写检查报告
1) 检查员完成检查后，按COFCC要求编写检查报告。
2) 检查员在检查完成后两周内将检查报告送达COFCC。

6. 综合审查评估意见
1）COFCC根据申请人提供的申请表、调查表等相关材料以及检查员的检查报告和相关检验报告等进行综合审查评估，填写颁证评估表，提出评估意见。
2）COFCC将评估意见报颁证委员会审议。

7. 颁证决议
颁证委员会定期召开颁证委员会工作会议，对申请人的基本情况调查表、检查员的检查报告和认证中心的评估意见等材料进行全面审查，做出同意颁证、有条件颁证、有机转换颁证或拒绝颁证的决定。证书有效期为一年。
1) 同意颁证。申请内容完全符合有机食品标准，颁发有机食品证书。
2) 有条件颁证。申请内容基本符合有机食品标准，但某些方面尚需改进，在申请人书面承诺按要求进行改进以后，亦可颁发有机食品证书。
3) 有机转换颁证。申请人的基地进入转换期一年以上，并继续实施有机转换计划，颁发有机食品转换证书。产品按“转换期有机食品”销售。
4) 拒绝颁证。申请内容达不到有机食品标准要求，颁证委员会拒绝颁证，并说明理由。

8. 颁证
根据颁证决议和《有机食品标志使用管理规则》的要求，签订《有机食品标志使用许可合同》，并办理有机食品标志的使用手续，颁发有机食品证书。