在沿海不少地区，民间都有加工咸鲞鱼的传统。在不同地区，加工咸鲞鱼的方法有所不同，比较有代表性的咸鲞鱼品种包括福建酶香鲞、山东咸干鲞、浙江三抱鲞。
现介绍福建酶香鲞的加工方法，其工艺要点如下——
1.选择新鲜、无病害的鳓鱼为福建酶香鲞的加工原料。用双核臭氧水清洗鱼体，洗掉泥巴和草等杂物。
2.将鳓鱼的鳃盖掰开，用小竹棒或小木棒从鱼的鳃盖捅入鱼的腹腔，沿着小竹棒，往鳓鱼体内投入食盐。小竹棒不要捅破鱼的腹部的肉，以免影响鱼肉的发酵和成品的质量。
灌好食盐之后，将鱼体放入池子或桶中，以便进行下一步的腌制、发酵。
3.先在池子底部撒一层食盐，接着将已灌好食盐的鱼的背部朝上，平斜排入池中。在排叠时，鱼的头尾要间压，排列应十分紧密，以免成品的鳞片松驰。
各层鱼体之间应均匀撒一层隔体食盐，食盐用量从下而上逐渐增加。在最上面一层鱼的表面撒一层食盐，用途是封顶、预防鳓鱼的表面腐败变质。
在制作咸鲞鱼时，食盐的用量一般为鳓鱼重量的30－38％。不过，根据季节和鱼体大小的不同，用盐量也有所不同：1.气温高时，用盐量就多一些；气温低时，用盐量就少一些。2.鱼的体积较大时，用盐量就多些；当鱼的体积较小时，用盐量就少一些。3.只有根据具体情况，投加适量的食盐，才能制得质量良好的咸鲞鱼。如食盐用量过多，将抑制鱼体的发酵，产品将不能获得良好的风味；如食盐用量过少，咸鲞鱼产品则将容易腐败变质。
鳓鱼放入池中腌制，在24小时内的变化不大。24小时之后，由于发酵分解的作用，鳓鱼鱼体逐渐膨胀，经过２－３天，鱼体开始产生特有的酶香味。
4.鱼体放出酶香味后，表明肌肉已经发酵，此后不会再松软，此时可在鱼体上面施加压力，可用放石头的方法来加压。但压石不可太重，否则会导致鱼体互相粘着。压石重量的评判标准：鱼体被卤汤浸没为宜，石重一般为鱼重的8－10％。压石时间根据发酵程度及气温情况灵活确定，一般在两天后，鱼体中的盐分即可渗透均匀，咸鲞鱼即已腌好。
5.将腌好的咸鲞鱼从池子中捞出来，放入干净的竹筐或者塑料框中，逐层码放，每两层之间要放一定量的食盐，以防止鱼肉腐败。
当咸鲞鱼沥干盐水后，将其装入干净的复合食品包装袋中，立即封口。
6.按照相关食品安全标准，对咸鲞鱼进行检验，检验合格者即为成品、入库保存，可对外销售。

咸鲞鱼的贮存方法很重要。为了防止咸鲞鱼发生干化和氧化变质的问题，在储存过程中，可将整条咸鲞鱼或切成段的咸鲞鱼涂上白酒，放在坛内密封，以后随吃随取，但剩下的鱼仍要继续密封。咸鲞鱼的食用方法有多种，如鲞鱼蒸蛋、鲞鱼肉饼、虾籽鲞鱼、清蒸鲞鱼等。