应选择皮厚、肉厚、质地致密、表皮青绿发亮、布满蜡质、大小一致、无破损的晚熟大型品种的冬瓜。窖库大小由所储冬瓜数量而定，一般30平方米左右能储5000公斤冬瓜。窖库多为半地下室，窖室高3.6米，地上和地下部各高1.8米，四周设置库窗，前后左右打开，便于通风换气。冬瓜入库前2～3天密闭窖库，用高锰酸钾熏蒸消毒。在库底垫干草或草帘，上面摆放冬瓜，一般堆放不超过3层，以免压伤损坏。根据冬瓜在田间生长时的状态摆放，这样可以使冬瓜保持原有的重力方向，瓜瓤不易裂伤，储藏时间更长。冬瓜入窖初期加强通风，在中午气温高时打开窗户通风换气，以利于散热降温、排除湿气，降低环境湿度，保持较内干燥。冬瓜储藏期间，窖温保持在10～15℃，相对湿度保持在70%～75%，以免发生冻害。一般可以储藏3～5个月。