每一种食用自在不同地区常有不同的名称，有的是同菌异名，如同为一种侧耳，在不同地区．就有冻菌、平菇、北风菌、蛇菌、平蘑或平茸等不同名称，很不统一。有的是同名异菌，如同称为"冬菇"的，有的地区是指香菇，有的地区却是指毛柄金钱菌。所以当地通用的俗名；虽然描述性强，通俗易懂，但局限性大，容易混乱，也不便于科技交流。为了统一名称，国际上一致采用瑞典学者林奈所创造的"双名法"，作为动植物、微生物包括食用菌的命名方法。用双名法定出某一种食用菌的名称，就是某一种食用菌的学名。每一种食用菌的学名，由两个拉丁词组成，第一个是属名，用拉丁文的名词；第二个是种名，用拉丁文的形容词。属名的第一个字母药用大写，种名则一律用小写。完整的学名，末尾还附有命名人姓名的缩写，命名人的姓，一律用正体字。印刷时学名用斜体字，书写学名时在下面加一横线。如双孢蘑菇的学名Agaricus bisporus(Lange)Sing。其中Agaricus是蘑菇属属名，bisporus是种名，表示该蘑菇的担子梗上长两个孢子，所以种名叫双孢蘑菇。括号内的认识最初给这个菌命名的人，而括号后的是修改前人名的人。如果命名的人是两个，则两人的名用联接词et相连一起列出。几种人工栽培食用菌的学名如表4。
表4 几种人工栽培食用菌的名称 

食用菌在分类学上的地位，也是按生物分类系统上通用的单位，即门、纲、目、科、属、种。有时还有亚纲、亚目亚科的单位。兹以香菇和银耳为例说明如下：

  门：真菌门            门：真菌门

  纲：担子苗纲           纲：担子菌纲

  亚纲：同隔担子菌亚纲    亚纲：异隔担子菌亚纲

  目：伞菌目             目：银耳目

  科：白蘑科             科：银耳科

  属：香菇属             属：银耳属

  种：香菇               种：银耳