两种病害都为害茶苗，在部分茶区发生严重，造成茶苗枯死。
　　茶苗立枯病　常发生在茶苗茎基部，病斑初为暗褐色，椭圆形或不规则形，以后呈灰白色，病斑稍下凹，其上散生许多黑色的小粒点。受害茶苗叶片枯萎，最后整株死亡。该病菌为半知菌亚门拟基点霉属(Phomopsis theae hara)真菌。病部小黑点为病菌分生孢子器，球形或扁球形。内生两种分生孢子，一种为纺锤形孢子，无色单胞。另一种为丝状孢子，稍弯曲呈钩状，无色单胞。病菌以菌丝体或分生孢子器在病组织内越冬，次春在适宜条件下产生分生孢子随风雨传播，进行侵染为害。病害在高温高湿下有利于发生发展。该病防治以加强苗木检查，及时拔除病株为 最重要。其次可于发病初期喷0.7％石灰半量式波尔多液，或50％甲基托布津1000倍液。
　　茶根癌病　以扦插苗圃中常见，主侧根均可受害。病菌从扦插苗剪口或根部伤口侵入，初期产生淡褐色球形突起，以后逐渐扩大呈瘤状，小的似粟粒，大的象豌豆，多个瘤常相互愈合成不规则的大瘤。瘤状物褐色，木质化而坚硬，表面粗糙。茶苗受害后须根减少，地上部生长不良或枯死。茶根癌病菌为野杆菌属[agrobacterium tumefaciens(S.et T．) Conn．]细菌。菌体短杆状，具1～3根极生鞭毛。在普通培养基上形成灰白色圆形菌落。发育适温为25～29℃，致死温度为51℃(10分钟)。在ph7.3时发育最好。根癌病菌在土壤或病组织中越冬。次年环境适宜时，借水流、地下昆虫及农具传播为害。病菌从苗木伤口或切口处侵入，在组织内生长发育，刺激细胞加速分裂，产生癌瘤。该病防治要严格苗木检查，防治地下害虫，减少根系伤口。苗木必要时可用20％石灰水浸根10分钟消毒后再移栽。