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1.选用抗病砧木。尽量采用枳壳等抗病砧木，适当提高嫁接部位，一般在离地面10厘米以上。避免使用柠檬、甜橙和红桔等砧木，减少发病机会。
2.加强栽培管理。幼龄树定植时，嫁接口要露出地面；对低畦地或地下水位较高的植株要注意排水，防止长期积水；除草、施肥时将树盘的土耙平，防止积水；经常清洗树干，保持主干清洁；麸水和人粪尿要充分腐熟后才能施用，并注意不淋在树干周围。严防爆皮虫和天牛的危害。
3.药物治疗。发现病株，将病株根颈部的土壤扒开，用酒精消毒过的利刀刮去腐烂皮层及已变色的木质部后，再轻刮一层无病组织，用酒精清洗后，涂以1∶1∶100波尔多液或硫酸铜30～50倍液或20%甲霜灵、65%杀毒矾、80%乙磷铝可湿性粉剂各100～200倍液或25%瑞毒霉可湿性粉剂400倍液或70%乙锰合剂300倍液。涂药后换掉原来的老土，改埋疏松沙壤土，促发新根。
4.接脚换根。对腐烂皮层面积大，伤口难以愈合的柑桔树，可在树干旁种上枳壳实生苗，用靠接的办法，增强树体对养分的吸收。这样脚腐病树会出现“返老还童”现象，重新获得高产稳产。
