体内试验发现，由缺乏终止密码子的mRNA所编码的λcI阻遏蛋白和细胞色素b562的C-末端也连有标记肽，而且标记肽对C-末端的附着依赖于编码tmRNA的ssrA基因的存在。据此可推测，当由无终止密码子的mRNA编码的多肽被翻译时，tmRNA才能编码生成标记肽。Keiler等据此提出了肽合成的反式翻译模型。反式翻译模型提出，当翻译停止在无终止密码子的mRNA的3′-末端时，负载着Ala的tmRNA进入核糖体(A位)。tmRNA将其Ala提供给合成停止的多肽链，通过移位作用，核糖体从该mRNA进入tmRNA ORF25编码标记肽的编码区，翻译合成标记肽，它通过Ala连在先前合成的肽的C-末端，形成嵌合蛋白。最后，该嵌合蛋白利用框内终止密码子从核糖体上释放出来，使得核糖体进入再循环。tmRNA在整个反应中承担着双重功能，先是作为tRNAAla，接着又作为编码标记肽的mRNA。