蛋白质组数据库(proteome database)被认为是蛋白质组知识的储存库，包含所有鉴定的蛋白质信息，如蛋白质的顺序、核苷酸顺序、2-D PAGE、3-D结构、翻译后的修饰、基因组及代谢数据库等. 例如，SWISS-2DPAGE数据库包括人类，细菌，细胞等物种的信息.其中，E.coliSWISS-2DPAGE数据库是EXPASY分子生物学服务器的一部分，通过www的URL网址http://www.expasy.ch/ch2d/ch2d-top.html可以查询.

当前的计算机和网络技术，让我们将所有的数据库连在一起，并允许我们从一个数据库中的一条信息遨游到其他的数据库；将一个研究对象的数据与其他各种蛋白质组中的相关数据或图谱相连. 分析型软件工具被称为蛋白质组分析机器人、数据分析软件包. 在既定的状态下，定量研究蛋白质的表达水平，或者计算机辅助数据库系统建立可将实验推进一步.因此，蛋白质组分析技术联合蛋白质数据库，计算机网络和其他软件包合在一起称为蛋白质组的机控百科全书(Cyber-encyclopaedia of the proteome).

蛋白质组和基因组共同分析可以产生大量的数据. 当评估每一个数据库的价值时，难免要考虑两个条件：1)数据库是否在任一时刻保持最新；2)何时能够相互连接，且以整体状态评估. 目前的发展趋势：1)信息量呈指数增长；2)蛋白质组计划的实施会产生新的数据库；3)致力于模拟细胞内蛋白质的相互作用的新型数据库；4)建立高级、智慧型的咨询工具是必需的.